第五波（2021年12月下旬至2023年3月）

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2021年12月下旬至2022年1月中旬

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2月3日，沙田市中心多處發現污水監測結果對病毒呈陽性，多個地方被納入強制檢測公告，瀝源社區會堂外有大批市民排隊等候強制檢測

2月17日，博愛醫院將急症室對出的露天停車場設置為帳篷用作臨時安置患者，有視察過的官員形容情況如第三世界。[59]

香港在2021年12月下旬開始出現第五波疫情，政府容許國泰航空採用「客機去貨機返」的方式運作[60]，卻增加了變種病毒傳入的風險[61]，因為有數名以「貨機機組人員」身份飛回香港的機艙服務員未有依照抵港後立即回家自我隔離的規定，導致Omicron變異病毒株BA.1亞型流入社區並發展為不同的傳播群組[62]，包括由屯門男機艙服務員引發的「望月樓群組」[63]、由北角女機艙服務員母親引發的「維園廣場跳舞群組」[64]及「陸田園餐廳群組」[65]，雖然本地個案數字開始上升，但當局其後稱截斷了上述機組人員相關的群組傳播鏈，疫情並未在社區廣泛傳播，惟因北角女機艙服務員母親群組揪出備受廣大社會輿論譴責的「洪為民生日派對事件」[66][67]，多名政府官員集體違法違規導致香港特區政府陷入嚴重的政治與誠信危機[68]。由機組人員傳入的Omicron變異病毒株BA.1亞型於2022年1月中受控。

2022年1月中旬至5月中旬

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3月16日，中央援港醫療隊抵達香園圍口岸，支援香港抗擊疫情

傳染性更強的Omicron變異病毒株BA.2亞型卻因為位於油麻地的檢疫酒店香港海景絲麗酒店發生內部交叉感染[69]，形成「檢疫酒店群組」並導致第五波疫情大爆發[70][71]。「檢疫酒店群組」起因於一名在2021年12月20日抵港的43歲巴基斯坦裔女子於酒店內接受隔離檢疫期間受到同樓層相連房間帶有高度傳染性的Omicron變異病毒株BA.2亞型的兩名尼泊爾男子交叉感染[72]，她在酒店的21天隔離檢疫期在1月10日屆滿時，未有被檢測出已受到感染[73]，她隨後返回大坑東邨東滿樓的住所，傳染性極強的Omicron變異病毒株BA.2亞型因而被帶入社區，到1月15日的檢測才出現陽性，與她同住的5名家人，一個居於元州街寶華閣的4人家庭，以及在同一大廈的住戶都已受到該種變異病毒株感染，僅第一代傳播就牽涉12人[74]，病毒亦傳播到美孚百老匯街地利亞修女紀念學校等三所學校[9]，一名居於馬鞍山錦豐苑的監考女教師和多名學生，以及一名居於美孚新邨的幼稚園教師先後確診[75]，「檢疫酒店群組」更因為巴裔女子的丈夫在葵涌邨的垃圾房拾荒引發超過440名居民染疫[76]。雖然政府在該邨多棟大廈實施圍封強檢或禁足，但未能阻止病毒擴散[71]。1月18日有一名在銅鑼灣的一家寵物店工作的女店員確診Delta變異病毒株，「寵物店群組」出現後政府要求全港有飼養倉鼠的市民同意棄養供漁護署大規模人道毀滅[77]。

2022年1月下旬起疫情在香港社區蔓延，初期個案集中在葵涌邨，後來蔓延至其他地區，並出現Omicron變異病毒株及Delta變異病毒株同時傳播[78]。2月1日是農曆新年，新年假期的跨家庭聚會、拜年及團年活動，使疫情在2月5日起急劇惡化。2月9日，單日確診首次破千宗，確診數字在1月23日至2月25日以約每5天升一倍，大部分感染個案都涉及衍生自「檢疫酒店群組」的Omicron變異病毒株BA.2亞型[79]。2月25日，單日確診首次破萬宗，達到10,010例，確診數字之後縮短至每2天約增加一倍，受制於香港特區政府的「動態清零」政策，當時並不容許患者及其家人居家隔離及治療，確診者及其緊密接觸者都必須被送往醫院或隔離設施[80]，公立醫院隔離病房的容量已經飽和，卻有大量無徵狀或輕症患者都因為要配合港府執行「動態清零」而被送入醫院[81]，導致醫院外的露天位置需要放置大量病床[82]，包括明愛醫院在內的多家公立醫院都有大批候診者在戶外露宿等候入院。2月16日起香港氣溫顯著下降，晚間氣溫跌至攝氏10度以下，天氣寒冷及持續下雨，滯留在醫院室外的大批病人被逼在濕冷的寒風下瑟縮及着涼[83]，引起香港及國際輿論關注[84]，到2月18日晚上醫院才勉強騰出空間供大部分病人擠進室內。

因為傳統核酸檢測已無法跟上疫情的發展，而自行做快速抗原檢測的工具已日趨普及，港府改變過往只認可由特定承辦商作核酸檢測的做法，自2月25日起也承認快速抗原檢測陽性的個案，並在3月7日開通快速檢測申報平台，供市民申報[85]。至2022年2月中旬，在動態清零下的所有確診者及密切接觸者都會被送往醫院或入住隔離設施，卻有高官及議員於同期享有特權沒有進入隔離營及可選擇居家隔離[86]，至其後因為陽性個案持續增加，港府於2月尾才接受部分患者在家隔離治療[87]，至3月13日最少有30萬名確診者正在居家隔離[88]。

是否進行全民檢測的爭論

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行政長官林鄭月娥於2月22日推翻她過往多次稱香港不適合全民檢測的說法[89]，林鄭月娥宣稱即將在香港舉行全民強制檢測，所有人要完成三次核酸檢測[90]，但其不斷改變的說法卻進一步動搖市民對政府的信任及造成資訊混亂[91]，而港府在政治正確的壓力下亦陷入既無法清零又不可選擇共存的兩難局面[84][92]，隨後立法會議員及建制派政客屢次發表香港將要實施封城及禁足等言論[93]，造成民眾恐慌[94]，導致市面出現糧食、日用品及藥物的搶購潮與混亂[95]。

對此，中國大陸部落客、也是紅三代的任意以「兔主席」的網名在2月發文評論香港第5波疫情，他稱雖然知道中央的好意，但香港缺乏必要的政治、社會、文化及公共管理的基礎，他推估不可能落實「動態清零」，提議香港採取與病毒共存策略，總好過現在付出了嘗試清零的代價，卻得不到清零的好處，弄得兩頭都不靠[96]。

3月9日，林鄭月娥改口稱不會因為之前自己講過要在3月內進行全民強制核酸檢測便勉強去做，這個已不是優先項目，目前沒有這方面的時間表可交代[97]，但建制派媒體及論者於同月下旬仍在施壓港府要效法上海封城，並以此抨擊林鄭月娥沒有實施全港封控及全民強檢[98]，至4月初上海封城產生大量次生災害終使建制派對港府的施壓及抨擊消退[99]。

2022年3月17日，身兼政府專家顧問的香港大學微生物學系講座教授袁國勇，聯同港大醫學院臨牀助理教授薛達和名譽臨牀副教授龍振邦在《明報》發表署名文章，指出第五波疫情的主浪是由外防輸入的檢疫酒店引起，Omicron BA.2變種病毒由檢疫酒店流入社區後出現廣泛的隱性傳播，引致疫情大爆發[100]。現在即使第五波疫情漸趨平緩也會持續多個月每日確診數千宗，建議當局盡快公布復常計劃及路線圖[101]，爭取香港社會在夏季復常，疫苗接種率如達到95%，可逐步放寬防疫措施；又提出輕症患者無須強制被帶到隔離設施，將防疫人手用於幫助更需要的人；而政府之前提出的全民強檢已沒有實際作用，應將資源用於救治患者，提升醫療容量；因為輸入個案與本地最少70萬宗確診相比已是滄海一粟，所以可盡早恢復國際航班，三位專家認為政府早日公佈明確的社會復常計劃，對於市民重拾對前景的信心十分重要[101]。香港大學感染及傳染病中心總監何栢良在受訪時表示認同三位專家的看法，香港應在提高疫苗接種率後使經濟活動復常，逐步放寬防疫限制，戴口罩則是最後解除的措施，同時認為康復的長者應在後3個月後接種一劑復必泰疫苗加強免疫力[102]。林鄭月娥在同日的記者會表示強烈感受到普羅市民對防疫措施的容忍力下降，金融機構也失去耐性，防疫措施有檢討的空間，對於政府專家稱95%接種率才可以放寬措施，林鄭稱這是自綁手腳，因為昨天接種第一針的只有八千多人，要達到這個接種率還有很長的路，放寬措施的時間不能單看這個指標，但會繼續提高接種率[103]。身兼政府疫苗專家顧問的港大醫學院內科學系臨床教授孔繁毅在香港商業電台的專訪上表示，根據香港大學的研究，香港的實際感染人數已累計至350萬人，加上疫苗接種率已提高，特別是第五波疫情在社區已廣泛傳播，香港人口已出現群體免疫，這也反映於近日的確診人數有下降趨勢，只要確診個案持續減少及提高完整疫苗覆蓋率，香港便具備放寬防疫措施的條件，餐廳可恢復晚市及重新開放康樂設施，鑑於香港的感染人數已經比部分國家更高，因此可恢復國際航班及對已完成接種疫苗並在病毒檢測呈陰性的入境人士免除強制隔離[104]。袁國勇在3月20日受訪時表示，大量進行核酸檢測在香港已不重要[105]，因為部分患者確診半年後仍然會呈陽性，應以快速抗原測試為主；袁又指過往的圍堵政策已不合時宜，應該將重點放在降低入院及死亡數字，當局亦應分清哪些病人是死於新冠病毒，還是帶病毒卻因為其他原因死亡，減少公眾恐慌；袁又稱近期使用的莫納皮拉韋及帕克斯洛維德口服藥可有效減少長者重症[105]。

高峰後確診個案消退

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第五波疫情於2022年3月3日見頂後逐漸消退（當日經快速抗原測試及核酸檢測的陽性個案達76,991宗[10]），至4月9日核酸檢測陽性個案897宗，接獲快速檢測陽性1638宗，當中大部分屬無徵狀個案[106]。隨着群體免疫的形成[107]，醫療壓力得以承受，專家顧問袁國勇表示只要繼續推展疫苗接種工作，香港可於今年5月放寬社交距離限制，7月完成疫苗接種後，香港可於2022年聖誕節前後完全恢復正常，預期香港今年將會有「快樂聖誕」[108]；專家顧問孔繁毅表示，香港的第三針接種比例如達到9成，將會比新加坡更有條件開放防疫措施，孔又稱如疫情穩步下降，香港在今年6至7月將具備在室外無須佩戴口罩的條件[109]。

假期後疫情持續穩步回落

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2022年4月15日至18日是復活節連同週末的長假期，適逢2022年消費券第一期發放，市民都趁假期逛街購物或郊遊，市面人流明顯增加，不過假期後沒有發生疫情反彈的情況，陽性個案繼續穩步回落，專家顧問許樹昌及孔繁毅均認為香港最少有400多萬人曾經受到感染，體內已產生抗體，加上大部分人已接種疫苗，香港人口已築起免疫屏障[110][111]，如病毒沒有重大轉變，香港在半年至1年內，疫情大幅反彈的機會很低[112]，惟即使進行全民檢測也難以徹底將確診個案清零，清零亦不可能長期持續，應把資源用於防重症和死亡，避免醫療系統承受過大壓力[113]。

確診個案/變異病毒株

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2022年6月起，香港疫情因為Omicron變異病毒株BA.2.12.1亞型、Omicron變異病毒株BA.4亞型、Omicron變異病毒株BA.5亞型反彈，單日確診破千，8月28日更新增逾九千宗確診，創3月底以來新高。

2022年8月30日，衛生署衛生防護中心公佈各變異病毒株佔比，Omicron BA.5佔49.5%、Omicron BA.4佔6.7%、Omicron BA.2.12.1佔6.1%、Omicron BA.2.2佔37.7%。Omicron BA.5繼續成為主流毒株。該波疫情已於9月8日第2度見頂，並達到11,091宗（本地:10,910宗），此後1星期逐漸緩和（至9月12日為7938宗，中秋節過後9月16日曾反彈至8999宗，之後再次回落）。CHP宣告9月25日起不再舉行疫情記者會，改以新聞犒發放（當日進一步緩和至3000宗+水平，低見3894宗）。

2022年10月起，由於政府放寬入境限制，加上境外確診人士帶來有新的病毒株流入香港（例如BQ.1.1、BA.2.75.2、XBD等）（每天平均一宗）確診個案緩慢回升，由10月4日的3000多宗水平升至5000多宗，其後維持約1個多月。2022年11月13日，本地疫情重新上升至6000多宗，此後疫情急劇惡化（11月17日更第2度重上8000多宗水平，自22年9月初以來新高）。2022年11月24日，確診個案升到9000多宗，其後稍微回落。至2022年12月1日，確診個案自3個月來再次達到10000多宗，其後繼續維持升勢。2022年12月23日，確診個案達到20000多宗。

行政長官優化多項防疫措施

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2022年12月28日，香港行政長官李家超宣布優化防疫措施，包括取消檢疫令，以及不再界定密切接觸者，但會通過確診患者向相關人士發出健康措施建議。另外，當局指考慮到整體社會已達致相當高的疫苗接種率，加上社會已建立較廣泛的防疫屏障，將取消疫苗通行證和所有入境人士強制核酸檢測的要求；也會取消所有社交距離措施，包括限聚令、1.5米餐桌距離和每枱人數限制等，只維持口罩令。上述優化措施會於12月29日起生效。當局並統一海外、內地、澳門以及台灣抵港人士的入境安排，29日起毋須在抵港當天或抵港後接受核酸檢測，改為自行進行快速測試至第五天的健康建議。[114][26]

2022年12月31日確診個案達到29000多宗後，疫情漸趨緩和。

2023年

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由2023年1月16日起調整新冠病毒核酸檢測結果的判定標準。由該日起發出的檢測結果，除作為臨床診斷用途外，如檢測Ct值為35或以上，會一律被界定為陰性。衞生署衞生防護中心由同日凌晨零時起，不再把核酸檢測結果Ct值達35或以上的人士列作確診個案。有關人士不會獲發隔離令（即不用進行家居隔離，亦不會被安排進入社區隔離設施）。調整後的判定標準同樣適用於在社區檢測中心／檢測站進行的免費及自費檢測，其中自費檢測的陰性證明可用作跨境等用途。

1月19日，政府宣佈由1月30日起，不會再向新冠病毒感染人士發出隔離令，患者毋須再在住所、醫院或隔離設施等接受隔離；而檢測陽性的人士，亦毋須再透過衛生署署方的網上平台申報，無徵狀感染者可以外出活動和上班，但建議學生不要上學，如有需要可求醫，做法與其他呼吸道疾病類似。當局會發信通知全港醫生，只需呈報嚴重和死亡個案，中心日後只會經專題網站上載核酸陽性數字及死亡個案，取代新聞公告，做法與流感等呼吸道風土病相同。[115]

2月28日，政府宣布考慮了最新疫情和風險後，3月1日起開始全面取消口罩令，香港為全球最後一個取消口罩令地區。為保護高危群組，進入醫療設施的人士以及有部份行業（如飲食業及零售業等）工作的員工仍必須戴口罩，院舍亦可透過行政指令要求職員和到訪人士戴口罩。至此，維持約3年的新冠肺炎防疫措施結束[28]。

本港自三月初復原口罩令後，所有對大眾適用的防疫措施均已經解除，社會經已全面復常，新冠已按一般上呼吸道感染方式管理，防疫措施亦以保護高危群組為重點。[116]

隨着世衞於5月5日宣布新冠疫情不再構成「國際關注的突發公共衞生事件」，政府將參考世衞對疫情的最新意見，評估本地情況和風險及病毒變異情況，檢視疫情防控應變級別，並相應調整餘下與疫情相關的措施及安排，會適時作出公布。[116]

2023年5月30日，政府公布，即時將應變級別由「緊急」調低至「戒備」，「應對疫情指導及協調組」和抗疫專家顧問團的架構同步復原。[30]